Here is a list of all documented class members with links to the class documentation for each member:
- a -
- a2s()
: LocARNA::McC_ali_matrices_t
- a_
: LocARNA::AlignmentImpl
- add()
: LocARNA::PatternPairMap
, LocARNA::EPM
, LocARNA::PatternPairMap
- add_am()
: LocARNA::EPM
- add_basepairA()
: LocARNA::Alignment
- add_basepairB()
: LocARNA::Alignment
- add_deleted_basepairA()
: LocARNA::Alignment
- add_deleted_basepairB()
: LocARNA::Alignment
- addInsideBounds()
: LocARNA::PatternPair
- addr()
: LocARNA::RMatrix< elem_t >
, LocARNA::OMatrix< elem_t >
, LocARNA::RotMatrix< elem_t >
, LocARNA::Matrix< T >
- AliColumn()
: LocARNA::MultipleAlignment::AliColumn
- align()
: LocARNA::Aligner
, LocARNA::AlignerImpl
, LocARNA::AlignerN
- align_D()
: LocARNA::AlignerImpl
, LocARNA::AlignerN
, LocARNA::AlignerP
- align_Dprime()
: LocARNA::AlignerP
- align_in_arcmatch()
: LocARNA::AlignerImpl
- align_inside()
: LocARNA::AlignerP
- align_inside_arcmatch()
: LocARNA::AlignerP
- align_noex()
: LocARNA::AlignerImpl
- align_outside()
: LocARNA::AlignerP
- align_outside_arcmatch()
: LocARNA::AlignerP
- align_reverse()
: LocARNA::AlignerP
- align_top_level_free_endgaps()
: LocARNA::AlignerImpl
- align_top_level_locally()
: LocARNA::AlignerImpl
- Aligner()
: LocARNA::Aligner
- AlignerImpl()
: LocARNA::AlignerImpl
- AlignerN()
: LocARNA::AlignerN
- alignerN_
: LocARNA::AlignerN::UnmodifiedScoringViewN
, LocARNA::AlignerN::ModifiedScoringViewN
- AlignerNParams()
: LocARNA::AlignerNParams
- AlignerP()
: LocARNA::AlignerP
- AlignerParams()
: LocARNA::AlignerParams
- AlignerPParams()
: LocARNA::AlignerPParams
- AlignerRestriction()
: LocARNA::AlignerRestriction
- Alignment()
: LocARNA::Alignment
- alignment
: LocARNA::AlignerN
- alignment_
: LocARNA::AlignerImpl
- alignment_edges()
: LocARNA::Alignment
- AlignmentEdges()
: LocARNA::AlignmentEdges
- AlignmentImpl()
: LocARNA::AlignmentImpl
- alistr_to_edge_ends()
: LocARNA::Alignment
- alloc_inside_matrices()
: LocARNA::AlignerP
- alloc_outside_matrices()
: LocARNA::AlignerP
- allow_left_1()
: LocARNA::FreeEndgapsDescription
- allow_left_2()
: LocARNA::FreeEndgapsDescription
- allow_right_1()
: LocARNA::FreeEndgapsDescription
- allow_right_2()
: LocARNA::FreeEndgapsDescription
- allowed_del()
: LocARNA::AnchorConstraints
- allowed_del_unopt()
: LocARNA::AnchorConstraints
- allowed_ins()
: LocARNA::AnchorConstraints
- allowed_ins_unopt()
: LocARNA::AnchorConstraints
- allowed_match()
: LocARNA::AnchorConstraints
- alpha()
: LocARNA::StralScore
- alpha_factor
: LocARNA::ScoringParams
- alphabet()
: LocARNA::Ribosum
- Alphabet()
: LocARNA::Alphabet< T >
- alphabet_
: LocARNA::Ribofit
- alphabet_type
: LocARNA::Ribosum
- am
: LocARNA::Ribosum
- am_begin()
: LocARNA::EPM
- am_end()
: LocARNA::EPM
- am_index()
: LocARNA::ArcMatchesIndexed
- am_prob
: LocARNA::AlignerP
- anchor_annotation()
: LocARNA::LCSEPM
- AnchorConstraints()
: LocARNA::AnchorConstraints
- anchors
: LocARNA::MultipleAlignment::AnnoType
- annotation()
: LocARNA::MultipleAlignment
- annotation_string()
: LocARNA::SequenceAnnotation
- append()
: LocARNA::Alignment
, LocARNA::MultipleAlignment
- apply_bpfilter()
: LocARNA::RnaStructure
- apply_unpaired_penalty()
: LocARNA::Scoring
- Arc
: LocARNA::ArcMatches
, LocARNA::AlignerImpl
, LocARNA::AlignerN
, LocARNA::AlignerP
, LocARNA::ArcMatch
, LocARNA::BasePairs
, LocARNA::EPM
, LocARNA::Scoring
, LocARNA::SparsificationMapper
- arc()
: LocARNA::BasePairs
- arc_2_prob()
: LocARNA::RnaEnsemble
- arc_2_prob_ali()
: LocARNA::RnaEnsembleImpl
- arc_2_prob_noali()
: LocARNA::RnaEnsembleImpl
- arc_2_probs_
: LocARNA::RnaDataImpl
- arc_cutoff_prob()
: LocARNA::RnaData
- arc_external_prob()
: LocARNA::RnaEnsemble
, LocARNA::ExtRnaData
- arc_in_loop_cutoff_prob()
: LocARNA::ExtRnaData
- arc_in_loop_prob()
: LocARNA::ExtRnaData
, LocARNA::RnaEnsemble
- arc_in_loop_prob_ali()
: LocARNA::RnaEnsembleImpl
- arc_in_loop_prob_noali()
: LocARNA::RnaEnsembleImpl
- arc_in_loop_probs_
: LocARNA::ExtRnaDataImpl
- arc_length()
: LocARNA::AlignerN::ModifiedScoringViewN
- arc_matches()
: LocARNA::AlignerParams
, LocARNA::AlignerP
, LocARNA::AlignerN
- arc_matches_
: LocARNA::AlignerImpl
, LocARNA::AlignerParams
- arc_matches_vec
: LocARNA::ArcMatches
- arc_matrix_t
: LocARNA::BasePairs
- arc_prob()
: LocARNA::RnaData
, LocARNA::RnaEnsemble
- arc_prob_matrix_matrix_t
: LocARNA::ExtRnaDataImpl
- arc_prob_matrix_t
: LocARNA::RnaDataImpl
, LocARNA::RnaData
, LocARNA::ExtRnaDataImpl
- arc_prob_vector_matrix_t
: LocARNA::ExtRnaDataImpl
- arc_prob_vector_t
: LocARNA::ExtRnaDataImpl
- arc_probs_
: LocARNA::RnaDataImpl
- arc_probs_begin()
: LocARNA::RnaData
- arc_probs_const_iterator
: LocARNA::RnaData
- arc_probs_end()
: LocARNA::RnaData
- arc_stack_prob()
: LocARNA::RnaEnsemble
- arc_vec_t
: LocARNA::BasePairs
- arcA()
: LocARNA::ArcMatch
- arcB()
: LocARNA::ArcMatch
- arcDel()
: LocARNA::Scoring
- ArcIdx
: LocARNA::AlignerN
, LocARNA::EPM
, LocARNA::SparsificationMapper
- ArcIdxVec
: LocARNA::SparsificationMapper
, LocARNA::AlignerN
- arcmatch()
: LocARNA::Scoring
- ArcMatch()
: LocARNA::ArcMatch
- arcmatch()
: LocARNA::Scoring
, LocARNA::ArcMatches
- arcmatch_prob()
: LocARNA::RibosumFreq
- arcmatch_probs_
: LocARNA::RibosumFreq
- arcmatch_score()
: LocARNA::Ribofit
, LocARNA::Ribosum
, LocARNA::Ribofit_will2014
- arcmatch_stacked()
: LocARNA::Scoring
- ArcMatches()
: LocARNA::ArcMatches
- ArcMatchesIndexed()
: LocARNA::ArcMatchesIndexed
- arcname_alphabet
: LocARNA::Ribosum
- arg_type
: LocARNA::option_def
- argname
: LocARNA::option_def
- argument
: LocARNA::option_def
- as_sequence()
: LocARNA::MultipleAlignment
- avg_deviation_score()
: LocARNA::MultipleAlignment