Here is a list of all documented class members with links to the class documentation for each member:

- s -

• S() : LocARNA::McC_ali_matrices_t
• S1() : LocARNA::McC_matrices_t
• S3() : LocARNA::McC_ali_matrices_t
• S5() : LocARNA::McC_ali_matrices_t
• scale() : LocARNA::McC_matrices_base
• score : LocARNA::ArcMatches::tuple5
• scores : LocARNA::ArcMatches
• Scoring() : LocARNA::Scoring
• scoring : LocARNA::AlignerN , LocARNA::AlignerP , LocARNA::AlignerImpl::UnmodifiedScoringView , LocARNA::AlignerImpl::ModifiedScoringView , LocARNA::AlignerN::UnmodifiedScoringViewN , LocARNA::AlignerN::ModifiedScoringViewN , LocARNA::AlignerParams
• scoring_ : LocARNA::AlignerImpl , LocARNA::AlignerParams
• ScoringParams() : LocARNA::ScoringParams
• self_ : LocARNA::AlignmentImpl , LocARNA::ExtRnaDataImpl , LocARNA::RnaDataImpl
• SelfValuePTR : LocARNA::PatternPairMap
• selfValueTYPE : LocARNA::PatternPairMap
• sens() : LocARNA::ConfusionMatrix
• seq() : LocARNA::MultipleAlignment::SeqEntry
• seq_pos : LocARNA::SparsificationMapper::info_for_pos
• seq_pos_t : LocARNA::AlignerN , LocARNA::SparsificationMapper
• seqA() : LocARNA::AlignerParams , LocARNA::AlignerN , LocARNA::AlignerP , LocARNA::Alignment
• seqA_ : LocARNA::AlignerImpl , LocARNA::AlignmentImpl , LocARNA::AlignerParams
• seqB : LocARNA::AlignerN , LocARNA::AlignerP , LocARNA::Alignment , LocARNA::AlignerParams
• seqB_ : LocARNA::AlignerImpl , LocARNA::AlignmentImpl , LocARNA::AlignerParams
• SeqEntry : LocARNA::TraceRange , LocARNA::MultipleAlignment::SeqEntry
• seqentry() : LocARNA::MultipleAlignment
• seqentry_pair_t : LocARNA::TraceRange
• seqlen() : LocARNA::BasePairs
• seqpos_t : LocARNA::EPM
• sequ_local() : LocARNA::AlignerParams
• sequ_local_ : LocARNA::AlignerParams
• Sequence() : LocARNA::Sequence
• sequence() : LocARNA::RnaData
• sequence_ : LocARNA::RnaDataImpl , LocARNA::RnaEnsembleImpl
• SequenceAnnotation() : LocARNA::SequenceAnnotation
• set() : LocARNA::RMatrix< elem_t > , LocARNA::OMatrix< elem_t > , LocARNA::RotMatrix< elem_t > , LocARNA::Matrix< T > , LocARNA::SparseMatrix< T > , LocARNA::SparseVector< T >
• set_alignment() : LocARNA::Aligner
• set_anchors() : LocARNA::RnaData
• set_annotation() : LocARNA::MultipleAlignment
• set_arcname_alphabet() : LocARNA::Ribosum
• set_basename_alphabet() : LocARNA::Ribosum
• set_consensus_structure() : LocARNA::Alignment
• set_cur_pos() : LocARNA::EPM
• set_endA() : LocARNA::AlignerRestriction
• set_endB() : LocARNA::AlignerRestriction
• set_first_insertion() : LocARNA::EPM
• set_invalid() : LocARNA::EPM
• set_lambda() : LocARNA::AlignerImpl::ModifiedScoringView , LocARNA::AlignerN::ModifiedScoringViewN
• set_max_tol_left() : LocARNA::EPM
• set_print_on_exit() : LocARNA::StopWatch
• set_restriction() : LocARNA::Aligner
• set_score() : LocARNA::EPM
• set_seq() : LocARNA::MultipleAlignment::SeqEntry
• set_startA() : LocARNA::AlignerRestriction
• set_startB() : LocARNA::AlignerRestriction
• set_state() : LocARNA::EPM
• set_structures() : LocARNA::Alignment
• setEPMScore() : LocARNA::PatternPair
• setOutsideBounds() : LocARNA::PatternPair
• shortname : LocARNA::option_def
• sigma() : LocARNA::StralScore
• single_string() : LocARNA::SequenceAnnotation
• SinglePattern() : LocARNA::SinglePattern
• size() : LocARNA::SparseVector< T > , LocARNA::MultipleAlignment::AnnoType , LocARNA::Gap , LocARNA::AlignmentEdges , LocARNA::Alphabet< T > , LocARNA::PatternPairMap , LocARNA::MultipleAlignment::FormatType , LocARNA::MultipleAlignment::AliColumn , LocARNA::RnaStructure , LocARNA::SparseMatrix< T >
• size_pair : LocARNA::AlignerP
• size_pair_t : LocARNA::AnchorConstraints
• size_pair_type : LocARNA::Matrix< T >
• size_type : LocARNA::MultipleAlignment::SeqEntry , LocARNA::RnaData , LocARNA::Matrix< T > , LocARNA::MatchProbs , LocARNA::ArcMatches::tuple5 , LocARNA::ArcMatch , LocARNA::SparseMatrix< T > , LocARNA::AlignerP , LocARNA::Alphabet< T > , LocARNA::AnchorConstraints , LocARNA::BasePairs , LocARNA::ArcMatches , LocARNA::MultipleAlignment , LocARNA::SparseVector< T >
• sizes() : LocARNA::Matrix< T >
• sort_am_to_do() : LocARNA::EPM
• sort_patVec() : LocARNA::EPM
• sort_right_adjacency_lists() : LocARNA::ArcMatches
• SpanRange() : LocARNA::BasePairFilter::SpanRange
• SparseMatrix() : LocARNA::SparseMatrix< T >
• SparseTraceController() : LocARNA::SparseTraceController
• SparseVector() : LocARNA::SparseVector< T >
• sparsification_mapperA() : LocARNA::AlignerNParams
• sparsification_mapperA_ : LocARNA::AlignerNParams
• sparsification_mapperB() : LocARNA::AlignerNParams
• sparsification_mapperB_ : LocARNA::AlignerNParams
• SparsificationMapper() : LocARNA::SparsificationMapper
• spec() : LocARNA::ConfusionMatrix
• sps() : LocARNA::MultipleAlignment
• stacked_arc_prob() : LocARNA::RnaData
• stacking() : LocARNA::PFoldParams , LocARNA::AlignerParams , LocARNA::Scoring , LocARNA::ScoringParams
• stacking_ : LocARNA::AlignerParams
• stacking_probs_available_ : LocARNA::RnaEnsembleImpl
• start() : LocARNA::StopWatch
• startA() : LocARNA::AlignerRestriction
• startB() : LocARNA::AlignerRestriction
• STOCKHOLM : LocARNA::MultipleAlignment::FormatType
• stop() : LocARNA::StopWatch
• StopWatch() : LocARNA::StopWatch
• store_am() : LocARNA::EPM
• str() : LocARNA::string1
• strA_ : LocARNA::AlignmentImpl
• StralScore() : LocARNA::StralScore
• strB_ : LocARNA::AlignmentImpl
• string1() : LocARNA::string1
• string_alphabet() : LocARNA::Ribosum
• struct_local() : LocARNA::AlignerParams
• struct_local_ : LocARNA::AlignerParams
• struct_weight : LocARNA::ScoringParams
• structure : LocARNA::MultipleAlignment::AnnoType
• suboptimal() : LocARNA::Aligner
• substr() : LocARNA::string1
• swap() : LocARNA::Alignment
• syntax_error_failure() : LocARNA::syntax_error_failure