Here is a list of all documented class members with links to the class documentation for each member:

- b -

• b_ : LocARNA::AlignmentImpl
• base_nonstruct_prob() : LocARNA::RibosumFreq
• base_nonstruct_probs_ : LocARNA::RibosumFreq
• base_prob() : LocARNA::RibosumFreq
• base_probs_ : LocARNA::RibosumFreq
• base_type : LocARNA::TaintedInftyInt
• base_unpaired_prob() : LocARNA::RibosumFreq
• basematch : LocARNA::ScoringParams , LocARNA::Scoring
• basematch_prob() : LocARNA::RibosumFreq
• basematch_probs_ : LocARNA::RibosumFreq
• basematch_score() : LocARNA::Ribofit , LocARNA::Ribofit_will2014 , LocARNA::Ribosum
• basematch_score_corrected() : LocARNA::RibosumFreq
• basemismatch : LocARNA::ScoringParams
• basename_alphabet : LocARNA::Ribosum
• basepair_prob() : LocARNA::RibosumFreq
• basepair_probs_ : LocARNA::RibosumFreq
• BasePairs() : LocARNA::BasePairs
• BasePairs__Arc() : LocARNA::BasePairs__Arc
• begin() : LocARNA::Alphabet< T > , LocARNA::MultipleAlignment , LocARNA::Alphabet< T > , LocARNA::ArcMatches , LocARNA::EPM , LocARNA::RnaStructure , LocARNA::SparseMatrix< T > , LocARNA::SparseVector< T >
• best_once_on() : LocARNA::FitOnOff
• beta() : LocARNA::StralScore
• beta_factor : LocARNA::ScoringParams
• bm : LocARNA::Ribosum
• bm_prob : LocARNA::AlignerP
• bp_t : LocARNA::RnaStructure
• bpair_set_t : LocARNA::BasePairs
• bpair_t : LocARNA::BasePairs
• BPMinLoopSize() : LocARNA::BasePairFilter::BPMinLoopSize
• bppm() : LocARNA::McC_matrices_base
• bps_t : LocARNA::RnaStructure
• bpsA : LocARNA::AlignerP , LocARNA::ArcMatches , LocARNA::AlignerN
• bpsA_ : LocARNA::AlignerImpl
• bpsB : LocARNA::AlignerN , LocARNA::AlignerP , LocARNA::ArcMatches
• bpsB_ : LocARNA::AlignerImpl