Here is a list of all documented class members with links to the class documentation for each member:

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• i : LocARNA::ArcMatches::tuple5
• IA() : LocARNA::AlignerN
• IADmat : LocARNA::AlignerN
• IAmat : LocARNA::AlignerN
• IB() : LocARNA::AlignerN
• IBDmat : LocARNA::AlignerN
• IBmat : LocARNA::AlignerN
• idx() : LocARNA::Alphabet< T > , LocARNA::ArcMatch , LocARNA::Gap , LocARNA::BasePairs__Arc
• idx_after_leq() : LocARNA::SparsificationMapper
• idx_after_max_col_idx() : LocARNA::SparseTraceController
• idx_geq() : LocARNA::SparsificationMapper
• idx_type : LocARNA::ArcMatch
• iidx() : LocARNA::McC_matrices_base
• in() : LocARNA::Alphabet< T >
• in_loop_probs_available_ : LocARNA::RnaEnsembleImpl
• includes() : LocARNA::EPM
• includes_am() : LocARNA::EPM
• indel : LocARNA::ScoringParams
• indel_loop : LocARNA::ScoringParams
• indel_opening : LocARNA::ScoringParams , LocARNA::Scoring
• indel_opening_loop : LocARNA::ScoringParams , LocARNA::Scoring
• index() : LocARNA::MultipleAlignment
• index_t : LocARNA::AlignerN , LocARNA::SparsificationMapper
• index_type : LocARNA::Alphabet< T >
• InfoForPosVec : LocARNA::SparsificationMapper
• InftyInt() : LocARNA::InftyInt
• init() : LocARNA::MultipleAlignment
• init_as_consensus_dot_plot() : LocARNA::RnaDataImpl
• init_E() : LocARNA::AlignerP
• init_Erev() : LocARNA::AlignerP
• init_from_ext_rna_ensemble() : LocARNA::ExtRnaDataImpl
• init_from_fixed_structure() : LocARNA::ExtRnaData , LocARNA::ExtRnaDataImpl , LocARNA::RnaData , LocARNA::RnaDataImpl
• init_from_rna_ensemble() : LocARNA::ExtRnaData , LocARNA::RnaData , LocARNA::RnaDataImpl
• init_inner_arc_matchs() : LocARNA::ArcMatches
• init_M() : LocARNA::AlignerP
• init_M_E_F() : LocARNA::AlignerN
• init_Mrev() : LocARNA::AlignerP
• init_state() : LocARNA::AlignerImpl
• initGapCostMat() : LocARNA::AlignerN
• inloopprobs_ok() : LocARNA::RnaData , LocARNA::ExtRnaData
• inner_arc_match() : LocARNA::ArcMatches
• inner_arcmatch_idxs : LocARNA::ArcMatches
• insert() : LocARNA::RnaStructure
• insert_epm() : LocARNA::EPM
• invalid_am_index() : LocARNA::ArcMatchesIndexed
• is_anchored_a() : LocARNA::AnchorConstraints
• is_anchored_b() : LocARNA::AnchorConstraints
• is_finite() : LocARNA::TaintedInftyInt
• is_gap() : LocARNA::EdgeEnd
• is_invalid() : LocARNA::EPM
• is_named_a() : LocARNA::AnchorConstraints
• is_named_b() : LocARNA::AnchorConstraints
• is_neg_infty() : LocARNA::TaintedInftyInt
• is_neutral() : LocARNA::SequenceAnnotation
• is_neutral_char() : LocARNA::SequenceAnnotation
• is_neutral_pos() : LocARNA::SequenceAnnotation
• is_normal() : LocARNA::TaintedInftyInt
• is_pos() : LocARNA::EdgeEnd
• is_pos_infty() : LocARNA::TaintedInftyInt
• is_proper() : LocARNA::MultipleAlignment
• is_running() : LocARNA::StopWatch
• is_stackable_am() : LocARNA::Scoring
• is_stackable_arcA() : LocARNA::Scoring
• is_stackable_arcB() : LocARNA::Scoring
• is_valid() : LocARNA::TraceController
• is_valid_arcmatch() : LocARNA::ArcMatches
• is_valid_idx_pos() : LocARNA::SparseTraceController
• is_valid_match() : LocARNA::MatchController , LocARNA::TraceController
• is_valid_pos() : LocARNA::SparsificationMapper
• is_valid_pos_external() : LocARNA::SparsificationMapper
• iterator : LocARNA::Alphabet< T >
• IX() : LocARNA::AlignerN
• IXD() : LocARNA::AlignerN