Here is a list of all documented class members with links to the class documentation for each member:

- r -

• r : LocARNA::AlignerN , LocARNA::AlignerP
• r_ : LocARNA::AlignerImpl
• range_t : LocARNA::AnchorConstraints
• read() : LocARNA::MatchProbs
• read_arcmatch_scores() : LocARNA::ArcMatches
• read_autodetect() : LocARNA::RnaData
• read_matrix() : LocARNA::Ribosum , LocARNA::RibosumFreq
• read_old_pp() : LocARNA::RnaData
• read_pp() : LocARNA::ExtRnaData , LocARNA::RnaData
• read_pp_arc_probabilities() : LocARNA::RnaDataImpl
• read_pp_in_loop_probabilities() : LocARNA::ExtRnaDataImpl
• read_pp_in_loop_probabilities_kwline() : LocARNA::ExtRnaDataImpl
• read_pp_in_loop_probabilities_line() : LocARNA::ExtRnaDataImpl
• read_pp_sequence() : LocARNA::RnaDataImpl
• read_ps() : LocARNA::RnaData
• read_ribosum() : LocARNA::Ribosum
• read_sparse() : LocARNA::MatchProbs
• ref() : LocARNA::SparseMatrix< T >
• register_arc() : LocARNA::BasePairs
• regular : LocARNA::Gap
• remove() : LocARNA::RnaStructure
• remove_common_gaps() : LocARNA::TraceRange
• remove_lonely_pairs() : LocARNA::RnaStructure
• reset() : LocARNA::SparsificationMapper::info_for_pos , LocARNA::SparseMatrix< T > , LocARNA::SparseVector< T >
• resetBounds() : LocARNA::PatternPair
• resize() : LocARNA::RMatrix< elem_t > , LocARNA::OMatrix< elem_t > , LocARNA::RotMatrix< elem_t > , LocARNA::Matrix< T >
• restrict() : LocARNA::RMatrix< elem_t >
• restrict_by_anchors() : LocARNA::TraceController
• rev_ptype() : LocARNA::McC_matrices_t
• reverse() : LocARNA::MultipleAlignment::SeqEntry , LocARNA::MultipleAlignment , LocARNA::string1 , LocARNA::StralScore
• ribofit : LocARNA::ScoringParams
• Ribofit() : LocARNA::Ribofit
• Ribofit_will2014() : LocARNA::Ribofit_will2014
• ribosum : LocARNA::ScoringParams
• Ribosum() : LocARNA::Ribosum
• RibosumFreq() : LocARNA::RibosumFreq
• right() : LocARNA::BasePairs__Arc
• right_adjlist() : LocARNA::BasePairs
• RightAdjEntry() : LocARNA::BasePairs::RightAdjEntry
• RightAdjList : LocARNA::BasePairs
• rightmost_anchor() : LocARNA::AnchorConstraints
• rightmost_covering_arc() : LocARNA::AlignerP
• rightmost_covering_arcmatch() : LocARNA::AlignerP
• RMatrix() : LocARNA::RMatrix< elem_t >
• RnaData() : LocARNA::RnaData
• RnaDataImpl() : LocARNA::RnaDataImpl
• RnaEnsemble() : LocARNA::RnaEnsemble
• RnaEnsembleImpl() : LocARNA::RnaEnsembleImpl
• RnaStructure() : LocARNA::RnaStructure
• rot() : LocARNA::RotMatrix< elem_t >
• RotMatrix() : LocARNA::RotMatrix< elem_t >
• rows() : LocARNA::TraceRange