Here is a list of all documented class members with links to the class documentation for each member:

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• F : LocARNA::AlignerP
• f1_score() : LocARNA::ConfusionMatrix
• failure() : LocARNA::failure
• FASTA : LocARNA::MultipleAlignment::FormatType
• fifth : LocARNA::quintuple< T1, T2, T3, T4, T5 >
• fill() : LocARNA::Matrix< T > , LocARNA::RMatrix< elem_t >
• fill_D() : LocARNA::AlignerP
• fill_D_entries() : LocARNA::AlignerImpl , LocARNA::AlignerN
• fill_D_entries_noLP() : LocARNA::AlignerImpl
• fill_Dprime() : LocARNA::AlignerP
• fill_IA_entries() : LocARNA::AlignerN
• fill_IB_entries() : LocARNA::AlignerN
• fill_M_entries() : LocARNA::AlignerN
• finite_value() : LocARNA::TaintedInftyInt , LocARNA::FiniteInt
• FiniteInt() : LocARNA::FiniteInt
• first_valid_mat_pos_before() : LocARNA::SparsificationMapper
• first_valid_mat_pos_before_eq() : LocARNA::SparsificationMapper
• FitOnOff() : LocARNA::FitOnOff
• fixed_structure : LocARNA::MultipleAlignment::AnnoType
• flag : LocARNA::option_def
• Fmat : LocARNA::AlignerN
• fn() : LocARNA::ConfusionMatrix
• forward() : LocARNA::FitOnOff
• fourth : LocARNA::quadruple< T1, T2, T3, T4 >
• fp() : LocARNA::ConfusionMatrix
• Fprime : LocARNA::AlignerP
• free_endgaps() : LocARNA::AlignerParams
• free_endgaps_ : LocARNA::AlignerParams
• freeD() : LocARNA::AlignerP
• FreeEndgapsDescription() : LocARNA::FreeEndgapsDescription
• freeMprime() : LocARNA::AlignerP
• Frev : LocARNA::AlignerP
• Frev_mat : LocARNA::AlignerP
• Fs_ : LocARNA::AlignerImpl