Here is a list of all documented class members with links to the class documentation for each member:

- g -

• gamma_factor : LocARNA::ScoringParams
• gap() : LocARNA::EdgeEnd
• Gap() : LocARNA::Gap
• gapA() : LocARNA::Scoring
• gapB() : LocARNA::Scoring
• gapCostMatA : LocARNA::AlignerN
• gapCostMatB : LocARNA::AlignerN
• gapX() : LocARNA::Scoring
• get() : LocARNA::RMatrix< elem_t > , LocARNA::OMatrix< elem_t > , LocARNA::RotMatrix< elem_t > , LocARNA::Matrix< T >
• get_alignment() : LocARNA::Aligner , LocARNA::AlignerN
• get_am() : LocARNA::EPM
• get_arcmatch_probs() : LocARNA::RibosumFreq
• get_arcmatch_scores() : LocARNA::Ribosum
• get_base_nonstruct_probs() : LocARNA::RibosumFreq
• get_base_pairsA() : LocARNA::ArcMatches
• get_base_pairsB() : LocARNA::ArcMatches
• get_base_probs() : LocARNA::RibosumFreq
• get_basematch_probs() : LocARNA::RibosumFreq
• get_basematch_scores() : LocARNA::Ribofit , LocARNA::Ribosum
• get_basepair_probs() : LocARNA::RibosumFreq
• get_cur_pos() : LocARNA::EPM
• get_delta() : LocARNA::TraceController
• get_first_insertion() : LocARNA::EPM
• get_lenA() : LocARNA::MatchProbs
• get_lenB() : LocARNA::MatchProbs
• get_max_info_vec_size() : LocARNA::SparsificationMapper
• get_max_right_ends() : LocARNA::ArcMatches
• get_max_tol_left() : LocARNA::EPM
• get_min_right_ends() : LocARNA::ArcMatches
• get_name() : LocARNA::Ribosum
• get_name_a() : LocARNA::AnchorConstraints
• get_name_b() : LocARNA::AnchorConstraints
• get_pos_in_seq_new() : LocARNA::SparsificationMapper
• get_restriction() : LocARNA::Aligner
• get_score() : LocARNA::ArcMatches , LocARNA::EPM
• get_sparse_mapperA() : LocARNA::SparseTraceController
• get_sparse_mapperB() : LocARNA::SparseTraceController
• get_state() : LocARNA::EPM
• get_struct() : LocARNA::PatternPair
• getEPMScore() : LocARNA::PatternPair
• getFirstPat() : LocARNA::PatternPair
• getGapCostBetween() : LocARNA::AlignerN
• getId() : LocARNA::PatternPair
• getInsideBounds() : LocARNA::PatternPair
• getList() : LocARNA::PatternPairMap
• getMapBases() : LocARNA::PatternPairMap
• getMapEPMScore() : LocARNA::PatternPairMap
• getMinPatternSize() : LocARNA::PatternPairMap
• getmyId() : LocARNA::SinglePattern
• getOrderedMap() : LocARNA::PatternPairMap
• getOrderedMap2() : LocARNA::PatternPairMap
• getOutsideBounds() : LocARNA::PatternPair
• getPat() : LocARNA::SinglePattern
• getPatternPair() : LocARNA::PatternPairMap
• getPatternPairPTR() : LocARNA::PatternPairMap
• getScore() : LocARNA::PatternPair
• getSecPat() : LocARNA::PatternPair
• getseqId() : LocARNA::SinglePattern
• getSize() : LocARNA::PatternPair