- a -

• a_ : LocARNA::AlignmentImpl
• alignerN_ : LocARNA::AlignerN::UnmodifiedScoringViewN , LocARNA::AlignerN::ModifiedScoringViewN
• alignment : LocARNA::AlignerN
• alignment_ : LocARNA::AlignerImpl
• alpha_factor : LocARNA::ScoringParams
• alphabet_ : LocARNA::Ribofit
• am : LocARNA::Ribosum
• am_prob : LocARNA::AlignerP
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• arc_in_loop_probs_ : LocARNA::ExtRnaDataImpl
• arc_matches : LocARNA::AlignerN , LocARNA::AlignerP
• arc_matches_ : LocARNA::AlignerParams , LocARNA::AlignerImpl
• arc_matches_vec : LocARNA::ArcMatches
• arc_probs_ : LocARNA::RnaDataImpl
• arcmatch_probs_ : LocARNA::RibosumFreq
• arcname_alphabet : LocARNA::Ribosum
• arg_type : LocARNA::option_def
• argname : LocARNA::option_def
• argument : LocARNA::option_def