Here is a list of all documented class members with links to the class documentation for each member:

- m -

• M : LocARNA::AlignerN , LocARNA::AlignerP
• M_matrix_t : LocARNA::AlignerN , LocARNA::AlignerImpl
• maintain_explicit_scores : LocARNA::ArcMatches
• make_char_alphabet() : LocARNA::Ribosum
• make_scores_explicit() : LocARNA::ArcMatches
• makeOrderedMap() : LocARNA::PatternPairMap
• map_t : LocARNA::SparseMatrix< T > , LocARNA::SparseVector< T >
• mapperA : LocARNA::AlignerN
• mapperB : LocARNA::AlignerN
• MapToPS() : LocARNA::LCSEPM
• mat_ : LocARNA::Matrix< T >
• match_controller : LocARNA::ArcMatches
• matching_without_gap_possible() : LocARNA::SparsificationMapper
• matching_wo_gap() : LocARNA::SparseTraceController
• MatchProbs() : LocARNA::MatchProbs
• matidx_t : LocARNA::AlignerN , LocARNA::SparsificationMapper
• matpos_t : LocARNA::SparseTraceController , LocARNA::EPM
• Matrix() : LocARNA::Matrix< T >
• matrix_t : LocARNA::Ribofit , LocARNA::Ribosum
• max : LocARNA::TaintedInftyInt
• max_bp_span() : LocARNA::PFoldParams
• max_col() : LocARNA::TraceRange
• max_col_ : LocARNA::TraceRange
• max_diff_am() : LocARNA::AlignerParams
• max_diff_am_ : LocARNA::AlignerParams
• max_diff_at_am : LocARNA::ArcMatches , LocARNA::AlignerParams
• max_diff_at_am_ : LocARNA::AlignerParams
• max_finite() : LocARNA::TaintedInftyInt
• max_finity : LocARNA::TaintedInftyInt
• max_i : LocARNA::AlignerN
• max_i_ : LocARNA::AlignerImpl
• max_j : LocARNA::AlignerN
• max_j_ : LocARNA::AlignerImpl
• max_length_diff : LocARNA::ArcMatches
• max_normal_pos_infty : LocARNA::TaintedInftyInt
• mcc() : LocARNA::ConfusionMatrix
• McC_ali_matrices_t() : LocARNA::McC_ali_matrices_t
• McC_matrices_base() : LocARNA::McC_matrices_base
• McC_matrices_t() : LocARNA::McC_matrices_t
• McCmat_ : LocARNA::RnaEnsembleImpl
• mea_scoring : LocARNA::ScoringParams
• mea_structure() : LocARNA::RnaData
• min : LocARNA::TaintedInftyInt
• min_am_prob() : LocARNA::AlignerPParams
• min_am_prob_ : LocARNA::AlignerPParams
• min_bm_prob() : LocARNA::AlignerPParams
• min_bm_prob_ : LocARNA::AlignerPParams
• min_col() : LocARNA::TraceRange
• min_col_ : LocARNA::TraceRange
• min_col_idx() : LocARNA::SparseTraceController
• min_finite() : LocARNA::TaintedInftyInt
• min_finity : LocARNA::TaintedInftyInt
• min_free_energy() : LocARNA::RnaEnsemble
• min_free_energy_ : LocARNA::RnaEnsembleImpl
• min_free_energy_structure() : LocARNA::RnaEnsemble
• min_free_energy_structure_ : LocARNA::RnaEnsembleImpl
• min_i : LocARNA::AlignerN
• min_i_ : LocARNA::AlignerImpl
• min_j : LocARNA::AlignerN
• min_j_ : LocARNA::AlignerImpl
• min_normal_neg_infty : LocARNA::TaintedInftyInt
• mod_scoring : LocARNA::AlignerN
• mod_scoring_ : LocARNA::AlignerImpl
• mod_scoring_view : LocARNA::AlignerN
• mod_scoring_view_ : LocARNA::AlignerImpl
• model_details() : LocARNA::PFoldParams
• ModifiedScoringView() : LocARNA::AlignerImpl::ModifiedScoringView
• ModifiedScoringViewN() : LocARNA::AlignerN::ModifiedScoringViewN
• modify_by_parameter() : LocARNA::Scoring
• move() : LocARNA::RotMatrix< elem_t >
• Mprime : LocARNA::AlignerP
• Mrev : LocARNA::AlignerP
• Ms_ : LocARNA::AlignerImpl
• multiple_alignment() : LocARNA::RnaData , LocARNA::RnaEnsemble
• MultipleAlignment() : LocARNA::MultipleAlignment