Here is a list of all documented class members with links to the class documentation for each member:

- d -

• D() : LocARNA::AlignerImpl::UnmodifiedScoringView , LocARNA::AlignerImpl::ModifiedScoringView , LocARNA::AlignerN::UnmodifiedScoringViewN , LocARNA::AlignerP , LocARNA::AlignerN::UnmodifiedScoringViewN , LocARNA::AlignerImpl , LocARNA::AlignerN::ModifiedScoringViewN , LocARNA::AlignerImpl::ModifiedScoringView , LocARNA::AlignerImpl , LocARNA::AlignerN , LocARNA::AlignerN::UnmodifiedScoringViewN , LocARNA::AlignerN , LocARNA::AlignerP
• D_created : LocARNA::AlignerN , LocARNA::AlignerP
• D_created_ : LocARNA::AlignerImpl
• dangling() : LocARNA::PFoldParams
• def() : LocARNA::SparseMatrix< T >
• def_ : LocARNA::SparseMatrix< T > , LocARNA::SparseVector< T >
• def_scoring_view : LocARNA::AlignerN
• def_scoring_view_ : LocARNA::AlignerImpl
• deflt : LocARNA::option_def
• description : LocARNA::option_def , LocARNA::MultipleAlignment::SeqEntry
• deviation() : LocARNA::MultipleAlignment
• diag_pos_bef() : LocARNA::SparseTraceController
• DiscreteDistribution() : LocARNA::DiscreteDistribution
• Dmat : LocARNA::AlignerN , LocARNA::AlignerP
• Dmat_ : LocARNA::AlignerImpl
• Dmatprime : LocARNA::AlignerP
• DO_TRACE() : LocARNA::AlignerParams
• DO_TRACE_ : LocARNA::AlignerParams
• dot_bracket_structure() : LocARNA::AlignmentImpl
• dot_bracket_structureA() : LocARNA::Alignment
• dot_bracket_structureB() : LocARNA::Alignment
• Dprime() : LocARNA::AlignerP
• Dprime_created : LocARNA::AlignerP
• drop_worst_bpil() : LocARNA::ExtRnaDataImpl
• drop_worst_bpil_precise() : LocARNA::ExtRnaDataImpl
• drop_worst_bps() : LocARNA::RnaDataImpl , LocARNA::ExtRnaDataImpl
• drop_worst_uil() : LocARNA::ExtRnaDataImpl