- r -

• read() : LocARNA::MatchProbs
• read_arcmatch_scores() : LocARNA::ArcMatches
• read_autodetect() : LocARNA::RnaData
• read_matrix() : LocARNA::Ribosum , LocARNA::RibosumFreq
• read_old_pp() : LocARNA::RnaData
• read_pp() : LocARNA::ExtRnaData , LocARNA::RnaData
• read_pp_arc_probabilities() : LocARNA::RnaDataImpl
• read_pp_in_loop_probabilities() : LocARNA::ExtRnaDataImpl
• read_pp_in_loop_probabilities_kwline() : LocARNA::ExtRnaDataImpl
• read_pp_in_loop_probabilities_line() : LocARNA::ExtRnaDataImpl
• read_pp_sequence() : LocARNA::RnaDataImpl
• read_ps() : LocARNA::RnaData
• read_ribosum() : LocARNA::Ribosum
• read_sparse() : LocARNA::MatchProbs
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• register_arc() : LocARNA::BasePairs
• remove() : LocARNA::RnaStructure
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• remove_lonely_pairs() : LocARNA::RnaStructure
• reset() : LocARNA::SparseMatrix< T > , LocARNA::SparseVector< T > , LocARNA::SparsificationMapper::info_for_pos
• resetBounds() : LocARNA::PatternPair
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• reverse() : LocARNA::MultipleAlignment::SeqEntry , LocARNA::MultipleAlignment , LocARNA::StralScore , LocARNA::string1
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• Ribosum() : LocARNA::Ribosum
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• RotMatrix() : LocARNA::RotMatrix< elem_t >
• rows() : LocARNA::TraceRange