- m -

• make_char_alphabet() : LocARNA::Ribosum
• make_scores_explicit() : LocARNA::ArcMatches
• makeOrderedMap() : LocARNA::PatternPairMap
• MapToPS() : LocARNA::LCSEPM
• matching_without_gap_possible() : LocARNA::SparsificationMapper
• matching_wo_gap() : LocARNA::SparseTraceController
• MatchProbs() : LocARNA::MatchProbs
• Matrix() : LocARNA::Matrix< T >
• max_bp_span() : LocARNA::PFoldParams
• max_col() : LocARNA::TraceRange
• max_diff_am() : LocARNA::AlignerParams
• max_diff_at_am() : LocARNA::AlignerParams
• max_finite() : LocARNA::TaintedInftyInt
• mcc() : LocARNA::ConfusionMatrix
• McC_ali_matrices_t() : LocARNA::McC_ali_matrices_t
• McC_matrices_base() : LocARNA::McC_matrices_base
• McC_matrices_t() : LocARNA::McC_matrices_t
• mea_structure() : LocARNA::RnaData
• min_am_prob() : LocARNA::AlignerPParams
• min_bm_prob() : LocARNA::AlignerPParams
• min_col() : LocARNA::TraceRange
• min_col_idx() : LocARNA::SparseTraceController
• min_finite() : LocARNA::TaintedInftyInt
• min_free_energy() : LocARNA::RnaEnsemble
• min_free_energy_structure() : LocARNA::RnaEnsemble
• model_details() : LocARNA::PFoldParams
• ModifiedScoringView() : LocARNA::AlignerImpl::ModifiedScoringView
• ModifiedScoringViewN() : LocARNA::AlignerN::ModifiedScoringViewN
• modify_by_parameter() : LocARNA::Scoring
• move() : LocARNA::RotMatrix< elem_t >
• multiple_alignment() : LocARNA::RnaEnsemble , LocARNA::RnaData
• MultipleAlignment() : LocARNA::MultipleAlignment