- p -

• pair() : LocARNA::McC_matrices_base
• paired_downstream_prob() : LocARNA::RnaEnsemble
• paired_upstream_prob() : LocARNA::RnaEnsemble
• pairHMM_probs() : LocARNA::MatchProbs
• pat_vec_at() : LocARNA::EPM
• pat_vec_size() : LocARNA::EPM
• PatternPair() : LocARNA::PatternPair
• PatternPairMap() : LocARNA::PatternPairMap
• penalized_align() : LocARNA::Aligner
• pf_probs() : LocARNA::MatchProbs
• pf_scale() : LocARNA::AlignerPParams
• PFoldParams() : LocARNA::PFoldParams
• plist() : LocARNA::RnaData
• pos_in_seq() : LocARNA::SparseTraceController
• pos_to_col() : LocARNA::MultipleAlignment::SeqEntry
• pos_unpaired() : LocARNA::SparseTraceController , LocARNA::SparsificationMapper
• ppv() : LocARNA::ConfusionMatrix
• prepend() : LocARNA::MultipleAlignment
• print_basematch_scores_corrected() : LocARNA::RibosumFreq
• print_debug() : LocARNA::TraceRange , LocARNA::AnchorConstraints
• print_epm() : LocARNA::EPM
• print_info() : LocARNA::StopWatch
• print_table() : LocARNA::FitOnOff
• print_tables() : LocARNA::FitOnOff
• prob() : LocARNA::MatchProbs
• prob_exp() : LocARNA::Scoring
• prob_min() : LocARNA::BasePairs
• prob_paired_downstream() : LocARNA::RnaData
• prob_paired_upstream() : LocARNA::RnaData
• prob_unpaired() : LocARNA::RnaData
• pscore() : LocARNA::McC_ali_matrices_t
• ptype() : LocARNA::McC_matrices_t
• ptype_of_admissible_basepair() : LocARNA::RnaEnsembleImpl
• push_back() : LocARNA::MultipleAlignment::SeqEntry , LocARNA::string1
• push_back_name() : LocARNA::SequenceAnnotation