- u -
- uncompress() : ell::S_LP , ell::S_SG_Ising , ell::S_LP , ell::S_RNAfe_SingleM , ell::State , ell::S_SG_NPP , ell::S_SG_Ising , ell::S_RNAfe_SingleM , ell::S_LP_PullM , ell::S_Explicit , ell::S_RNAfe_SingleM_TB , ell::S_LP_PullM , ell::S_Explicit
- undoNeighborChange() : ell::S_LP , ell::S_Explicit , ell::S_SG_Ising , ell::IterableNeighbors , ell::S_LP , ell::S_SG_Ising
- updateSeqVienna() : ell::RNAFreeEnergy_TB