- _ -
- _0 : biu::LatticeDescriptor::AutomorphismData
- _1 : biu::LatticeDescriptor::AutomorphismData
- _2 : biu::LatticeDescriptor::AutomorphismData
- a -
- abs2relRotation : biu::NeighborVector
- adjList : biu::Graph_UD
- allowedBasePairSet : biu::AllowedBasePairs
- alph : biu::AllowedBasePairs
- alph2string : biu::Alphabet
- alphabet : biu::ContactEnergyFunction , biu::OffLatticeProtein , biu::IntervalEnergyFunction
- automorphisms : biu::LatticeDescriptor
- b -
- bPair : biu::RNAStructure
- c -
- cols : biu::Matrix< T > , SquareMatrix< T, matrixDim > , Matrix< T > , biu::Matrix< T >
- connected : biu::LatticeProtein_Ipnt
- d -
- decoder : biu::PullMoveSet
- decoderIsShared : biu::PullMoveSet
- DEF_INIT : biu::COption
- defValue : biu::COption
- description : biu::COption
- dimension : gsl_qrng
- directionNumber : biu::PullMoveSet::PullMoveDecoder
- e -
- elem : biu::VirtualList< T >::Iterator
- elementLength : biu::Alphabet
- endPullNumber : biu::PullMoveSet::PullMoveDecoder
- endPulls : biu::PullMoveSet::PullMoveDecoder
- energy : biu::LatticeProtein_Ipnt
- energyFunc : biu::LatticeProtein_I
- energyMat : biu::ContactEnergyFunction , biu::IntervalEnergyFunction
- errorCount : biu::util::CException
- errorOccured : biu::COptionParser
- exist : biu::COption
- f -
- frameSize : biu::LatticeFrame
- frameSizeP2 : biu::LatticeFrame
- g -
- get : gsl_qrng_type
- h -
- hasChanged : biu::PullMoveSet::UndoRecord
- i -
- infoText : biu::COptionParser
- init_state : gsl_qrng_type
- intervalMax : biu::IntervalEnergyFunction
- INVALID_INDEX : biu::RNAStructure
- invmat : biu::LatticeDescriptor::NeighborData
- itstate : biu::VirtualList< T >::Iterator
- l -
- lastChangedObject : biu::PivotMoveSet , biu::PullMoveSet::UndoRecord
- lastOverwritePos : biu::PivotMoveSet
- lastOverwrittenMove : biu::PivotMoveSet
- lastPullPosition : biu::PullMoveSet::UndoRecord
- latBase : biu::LatticeDescriptor
- latDescriptor : biu::LatticeModel
- latNeighborhood : biu::LatticeDescriptor , biu::LatticeModel , biu::LatticeDescriptor , biu::LatticeModel , biu::LatticeDescriptor
- lattice : biu::LatticeMoveSet , biu::LatticeProtein_I , biu::LatticeMoveSet , biu::LatticeProtein_I , biu::PullMoveSet::PullMoveDecoder
- lostPos0 : biu::PullMoveSet::UndoRecord
- lostPos1 : biu::PullMoveSet::UndoRecord
- m -
- mat : biu::LatticeDescriptor::NeighborData
- max_dimension : gsl_qrng_type
- maxOName : biu::COptionParser
- MIN_LOOP_LENGTH : biu::RNAStructure
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- move : biu::NeighborVector
- moveAlph : biu::LatticeNeighborhood
- moveAlphabet : biu::LatticeDescriptor
- n -
- name : biu::LatticeDescriptor , biu::LatticeDescriptor::NeighborData , gsl_qrng_type
- NAN_DOUBLE : biu::LatticeProtein_Ipnt
- neighDirections : biu::PullMoveSet::PullMoveDecoder
- neighSet : biu::LatticeNeighborhood
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- o -
- ops : biu::PullMoveSet::RelativeInt
- opt : biu::COptionParser
- option : biu::COption
- optional : biu::COption
- OUTPUT_LINE_LENGTH : biu::COptionParser
- outString : biu::util::CException
- p -
- parent : biu::VirtualList< T >::Iterator
- pData : biu::OffLatticeProtein
- points : biu::LatticeProtein_Ipnt
- position : biu::PullMoveSet::UndoRecord
- programName : biu::COptionParser
- pt_getRN : biu::RandomNumberFactory
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- q -
- r -
- rel2absRotation : biu::NeighborVector
- retType : biu::COption
- retValue : biu::util::CException
- rnaBonds : biu::RNAStructure
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- rng : biu::RandomNumberFactory
- rows : biu::Matrix< T > , Matrix< T > , SquareMatrix< T, matrixDim > , biu::Matrix< T >
- s -
- seed : biu::RandomNumberGenerator
- selfavoiding : biu::LatticeProtein_Ipnt
- seqShared : biu::LatticeProtein_I , biu::RNAStructure
- sequence : biu::LatticeProtein_I , biu::OffLatticeProtein , biu::LatticeProtein_I
- state : gsl_qrng
- state_size : gsl_qrng_type , gsl_qrng
- stdPullNumber : biu::PullMoveSet::PullMoveDecoder
- stdPulls : biu::PullMoveSet::PullMoveDecoder
- string2alph : biu::Alphabet
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- strValue : biu::COption
- symMoveReplacement : biu::LatticeDescriptor
- t -
- t0 : biu::Timer
- type : gsl_qrng
- TYPE_NAME : biu::COption
- u -
- undoRec : biu::PullMoveSet
- v -
- v : biu::Matrix< T > , SquareMatrix< T, matrixDim > , Matrix< T > , biu::Matrix< T >
- value : biu::PullMoveSet::RelativeInt
- vec : biu::LatticeDescriptor::NeighborData
- vec2neigh : biu::LatticeNeighborhood