- a -
- Automorphism : NeighborVector.hh
- AutomorphismVec : NeighborVector.hh
- d -
- e -
- EnergyMatrix : DistanceEnergyFunction.hh
- g -
- gsl_error_handler_t : gsl_errno.h
- gsl_stream_handler_t : gsl_errno.h
- i -
- IndexSet : LatticeFrame.hh
- IndexVec : LatticeFrame.hh
- IntPoint : Point.hh
- IPointSet : Point.hh
- IPointVec : Point.hh
- m -
- mapInt : Util.h
- mapIntVecInt : Util.h
- Move : NeighborVector.hh
- MoveAlphabet : NeighborVector.hh
- MoveSequence : NeighborVector.hh
- n -
- NeighSet : NeighborVector.hh
- o -
- OptionMap : OptionParser.hh
- OptionMapIt : OptionParser.hh
- p -
- pairII : Util.h
- r -
- RNF : RandomNumberFactory.hh
- s -
- Sequence : BioMolecule.hh
- setInt : Util.h
- Structure : BioMolecule.hh