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- AdjItPair : biu::Graph_UD
- AlphElem : biu::Alphabet
- BPair : biu::AllowedBasePairs
- CAlphElem : biu::Alphabet
- CompLabel : biu::Graph_UD
- const_iterator : biu::LatticeNeighborhood
- CSequence : biu::Alphabet
- index_type : biu::LatticeFrame
- P2N_MAP : biu::LatticeNeighborhood
- Sequence : biu::Alphabet
- STR2ALPH_MAP : biu::Alphabet
- STR2INT_MAP : biu::COptionParser